L'agate se forme généralement par le dépôt de silice des eaux souterraines dans les cavités des roches ignées. L'agate dépose en couches concentriques autour des parois de la cavité, ou dans des couches horizontales s'accumulant du fond de la cavité. Ces structures produisent les motifs à bandes qui sont caractéristiques de nombreux agats. Certaines de ces cavités sont bordées de cristaux et celles-ci sont appelées géodes. L'agate se produit dans une large gamme de couleurs, qui comprennent le brun, le blanc, le rouge, le gris, le rose, le noir et le jaune. Les couleurs sont causées par des impuretés et se produisent sous forme de bandes alternées dans l'agate. Les différentes couleurs ont été produites alors que les eaux souterraines de différentes compositions s'infiltraient dans la cavi.